本校校歌は昭和３１年（１９５６年）１１月に制定されました。
作詞は戦後長きにわたって福井市長を務め、参議院議員でもあった、本校ＯＢの熊谷太三郎氏、作曲は東京芸術大学音楽部長を務め、数多くの学校の校歌を作曲しておられた下総皖一（しもおさかんいち）氏です。
（なお、歌詞の意味については歌詞の後ろの注を参照してください）
藤島高校校歌
一、越（こし）の三川（さんせん）あつまりて 日本海をさすところ
清き泉の玉と湧く 福井のほとり 地をしめて
いそしむ我ら若人（わこうど）の 夢はるかなり 白山連峰
二、ときはの森の足羽山 ふもとに眠る橋本が
新しき世を迎へむと 若き魂かたむけし
明道館の流れくむ 校風とはに光あり
三、庭にしたしむプラタナス 緑たけつつ年ふれば
戦火の跡の今いずこ 甍（いらか）つらねて栄えゆく
郷土にわれらうち立てむ 祖国みちびく新精神
越の三川→福井平野を流れる九頭竜川、日野川、足羽川のこと
福井→福井城址に残る「福の井」のこと
しめて→「占めて」
ときは→永遠に変わることのない岩→永遠に変わらないこと
橋本→本校第２代校長・橋本左内先生のこと、足羽山のふもと「左内公園」に墓所がある
明道館→本校の前身である福井藩の藩校のこと
とはに→「永遠に」
プラタナス→スズカケノキ科の植物のこと、花言葉は「天才」「非凡」「好奇心」、本校の校内に植えられている
たけつつ→「長けつつ」
ふれば→「経れば」
戦火→昭和20年7月19日のアメリカ軍による空襲で、福井市の損壊率は84.8％に達したと言われる
甍つらねて→多くの家が建ち並んでいる様子、甍は「瓦の屋根」のこと
